NGS 데이터 분석 - BAM 파일 핸들링

CRAM 파일에서 BAM 파일로 변환하여, GATK 파이프라인을 따라 분석을 시행한다.

./gatk SortSam INPUT=input.bam OUTPUT=sorted.bam SORT_ORDER=coordinate

• BuildBamIndex를 하기 앞서 coordinate 순으로 정렬이 필요하다.

./gatk BuildBamIndex I=sorted.bam

• BAM 인덱스 파일(.bai)을 생성한다 (35분)

./gatk ValidateSamFile I=sorted.bam MODE=SUMMARY R=ref.fna

• BAM 파일을 Validate을 하였다 (74분)

./gatk CollectGcBiasMetrics \
I=input.bam \
O=gc_bias_metrics.txt \
CHART=gc_bias_metrics.pdf \
S=gc_bias_summary_metrics.txt \
R=ref.fna

• GC Bias (50분)

파일 형식 변환하기 (FASTQ → uBAM)

• (How to) Generate an unmapped BAM from FASTQ or aligned BAM (link)

이때, Picard의 FastqToSam을 통해 FASTQ 파일을 변환할 수 있다 (.gz 확장자 가능)

(FASTQ_1 & FASTQ_2 예시)

./gatk FastqToSam \
# paired FASTQ 파일 명시
FASTQ=input_1.fastq \ #first read file of pair
FASTQ2=input_2.fastq \ #second read file of pair
# OUTPUT 파일
OUTPUT=output.bam \
SAMPLE_NAME=Sample1
./gatk SamFormatConverter INPUT=input.bam OUTPUT=output.sam

(SAM file 예시)

• 형식을 확인하고자 BAM 파일을 SAM 파일로 변환하였다.